Điều đáng nói, khi thanh tra Bộ GD&ĐT kiểm tra số chỉ tiêu tự xác định của học viện cho thấy khối ngành I: Trình độ tiến sĩ 20 chỉ tiêu (vượt năng lực 17 chỉ tiêu), trình độ thạc sĩ 40 chỉ tiêu; khối ngành III: Trình độ tiến sĩ là 200 chỉ tiêu, trình độ thạc sĩ là 1.300 chỉ tiêu (vượt năng lực 22 chỉ tiêu); khối ngành VII: Trình độ tiến sĩ là 230 chỉ tiêu (vượt năng lực 205 chỉ tiêu), trình độ thạc sĩ là 400 chỉ tiêu.